Concezioni Museografiche
Spallanzani condivideva le moderne teorie museografiche di Linneo, Buffon e Diderot. Per lui una vera collezione si distingueva dalle raccolte degli amatori per due requisiti essenziali, il primo era la completezza delle serie esposte, perchè la natura doveva essere rappresentata in un museo "dagli ultimi anelli della catena...ai più alti ... giungendo infine all'uomo". L’altra idea cardine del suo pensiero museografico era l’ordine metodico con cui i vari esemplari venivano esposti, che doveva basarsi sui principi della storia naturale. Tuttavia, nel Museo di Spallanzani a Pavia sussistono, almeno nei primi anni, alcuni segni di certo collezionismo barocco. Diffidente nei confronti dei "nomenclatori", Spallanzani adottò in parte soluzioni espositive più vicine al suo gusto estetico e alle sue attitudini di scienziato. I disparati collaboratori cui lo scienziato delegò la sistemazione delle collezioni nei primi anni del Museo, lo resero certamente più simile a una disordinata camera delle meraviglie che non ad una rigorosa esposizione scientifica. Ecco perchè nel 1787, il Rosa trovò il Museo in "un totale disordine", i reperti confusamente raggruppati in base alla data di acquisizione, o alla loro forma e grandezza. Sospesi al soffitto della galleria c’erano foche, delfini, testuggini, squali, secondo la tradizione dei gabinetti degli alchimisti medioevali o delle Wunderkammern rinascimentali. Rettili, serpenti e pesci, in vasi di alcool, erano collocati secondo le dimensioni dei contenitori. Tanti i grossolani errori di nomenclatura e classificazione, molte le lacune nei pezzi e moltissimi i reperti ormai consunti.
Arredi
Le soluzioni di tipo architettonico-decorativo per rendere il Museo "istruttivo" e gradevole per i visitatori furono studiate da Spallanzani stesso. I primi armadi furono costruiti nell’ottobre 1771 sui disegni spediti dalla cugina Laura Bassi. Spallanzani ricevette poi nel 1781 altri progetti di armadi disegnati dal Piermarini, forse troppo "belli" per rispondere a criteri di utilità scientifico-didattica. Sembra infatti che questi armadi non vennero mai costruiti. Dopo la visita del 1786 al Museo di Vienna, Spallanzani propose di costruire i nuovi scaffali del Museo pavese sulla falsariga di quelli viennesi. Il progetto definitivo degli armadi fu affidato nel 1790 all'architetto Pollak, allievo di Piermarini. Alti 3.50 m., occupavano tutti i lati della grande galleria per una lunghezza lineare di 92 metri ed erano ampi scaffali di noce, "tutti eguali, continui e simmetrici, colle facciate a giorno munite di grandi lastre di cristallo, quattro l’una sopra l’altra" che dividevano quindi gli spazi interni in 4 ripiani. L’interno, originariamente azzurro, era stato ridipinto di bianco per far risaltare i pezzi ed evidenziare gli attacchi dei parassiti. All’esterno gli scaffali erano estremamente semplici e senza ornati. Per consentire l'uso del Museo ai fini didattici lo scienziato aveva richiesto delle panche. Infine il Museo venne corredato negli anni ‘90 da un grande "globo geografico" delineato con maestria e "secondo le più recenti scoperte" da Vincenzo Rosa.
Esposizione dei reperti
La grande Galleria (A) era destinata ai soli animali, cioè "Mammali" e Pesci nelle due facciate centrali, Uccelli e "Amfibj" nelle due facciate meridionali, Insetti e Vermi in quelle settentrionali. Nella sala B erano collocate le Terre e le Pietre; i pochi "Vegetabili" con altre Petrificazioni, Sali e Produzioni vulcaniche erano esposti nella"buia" sala C, infine i metalli trovavano posto nella sala D. Gli animali di piccole o medie dimensioni erano disposti in serie sistematica entro gli scaffali, mentre i grossi esemplari erano collocati o in mezzo alla Galleria o sopra gli armadi. Sul bordo superiore di questi erano affissi dei "chiari cartelli riportanti in grosso carattere l’andamento e il nome della classe: I Mammalia, II Aves, III Amphibia,...". Gli esemplari erano conservati o impagliati e rimontati in atteggiamenti naturali, o immersi nell’alcool entro vasi di cristallo, o seccati e rinchiusi in cassette entomologiche. I coralli erano montati su piedistalli dorati a forma di candeliere; i Mammiferi e i grossi pesci erano fissati su assicelle dipinte di azzurro e con orlo dorato. Su basi rotonde del tutto simili erano montati i grossi uccelli. I piccoli uccelli erano invece rinchiusi da soli o in gruppo entro campane cilindriche di vetro chiaro. Ad ogni esemplare era fissata sul piedistallo un’etichetta riportante il numero linneano e il nome generico, il numero individuale e il nome specifico, infine il nome comune o volgare in italiano e la provenienza del pezzo. La numerazione seguiva fedelmente quella riportata nella 12a e 13a edizione del Systema Naturae di Linneo: con il libro alla mano era possibile "riscontrare tutto il regno animale del Museo e viceversa"
Cataloghi
I primi cataloghi del Museo furono compilati nel 1776 dallo stesso Spallanzani che li spedì a Vienna al Principe Kaunitz.
Scopoli redasse nel 1779 il catalogo delle conchiglie ("Testacei"), e nel 1781 la bozza del catalogo degli Zoofiti. Volta compilò tra il 1784 e il 1786 i cataloghi del Regno animale comprendenti gli indici sistematici delle sei classi linneane. I Mammiferi erano curiosamente divisi in Primates (uomo e orango), Brutae (scimmie non antropomorfe), Ferae, cioè carnivori, GLIRES (tutti i roditori e i lagomorfi), PECORA (cervidi, bovidi, ovidi), BELLUAE (cioè Belve, comprendenti cavallo e ippopotamo), CETE (cetacei). Nel 1784, insieme alla collezione Van Hoey veniva acquisito il relativo catalogo; nel 1786, allegato alla collezione dei vermi viscerali di Goeze, pervenne anche il catalogo redatto dal raccoglitore.
Nel 1786 Volta, aiutato da Scopoli, compilò in due mesi un Inventario per rilevare i pezzi mancanti e sostenere l’accusa di furto contro Spallanzani.
Nel 1787, dopo l’assoluzione di Spallanzani, l’Imperial Regio Governo ordinò a Ermenegildo Pini di fare un inventario sintetico di tutti gli oggetti presenti nel Museo, e successivamente incaricò i custodi Rosa e Martinenghi della compilazione dei cataloghi completi, assegnando al primo i regni animale e vegetale, e al secondo il regno minerale.
