Fondazione
Appena nominato professore a Pavia, Spallanzani sollecitò subito la creazione di raccolte dimostrative per le sue lezioni di Storia Naturale. L’Imperatrice Maria Teresa in persona ordinò di spedire a Pavia 7 casse di materiali che giunsero il 6.2. l771 e costituirono il primo nucleo del Museo. Due mesi dopo lo scienziato propose al Conte Firmian di acquisire "alcune casse di corpi naturali raccolte dal Vandelli" sulle montagne milanesi e di provvedere alla ristrutturazione e sistemazione dei vani del Museo. La collezione Vandelli pervenne al Museo solo nel 1775 insieme alla Collezione del cav. Fabrini, di Firenze, formata da 4069 pezzi, soprattutto minerali. L’acquisizione delle raccolte di conchiglie e produzioni marine della Repubblica Dalmata di Ragusa, arrivate in 7 casse nel dicembre 1775, permetteva infine a Spallanzani di prevedere "che il Museo di Storia naturale di Pavia sarà uno de' più belli d'Italia".
Dotazione
Inizialmente il Museo non aveva una dote fissa, ma a partire dal 1776 venne stanziata una cifra di 6 zecchini annui per la manutenzione e una variabile tra 30 e 50 zecchini per l’accrescimento delle collezioni. La dotazione annua crebbe con il tempo passando dalle 1200 lire nel 1786 alle 6000 lire nel 1794.
Sedi
Le prime sedi provvisorie del Museo furono prima due stanze del collegio Ghislieri e poi Casa Malaspina, adiacente al Collegio. Per l’accrescersi delle raccolte, il Museo fu trasferito nel 1775 nel palazzo dell'Università e sistemato nel salone centrale al primo piano.
Nel 1779 a questa prima "grande" stanza fu aggregata una seconda stanza a sud, cioè la sala di Fisica Sperimentale di Alessandro Volta, e infine nel 1781 una terza stanza a nord, quando l’Università acquisì alcuni caseggiati per creare il Teatro anatomico. L’anno dopo il Museo aveva ormai assunto l’aspetto definitivo: dalla fusione delle tre sale era risultata una grande galleria, lunga complessivamente 58 m per 8 m di larghezza con 2 ingressi sul lato orientale (verso il cortile dell’Università), 10 grandi finestre esposte a ovest (su Strada Nuova) e una esposta a nord (su C.so Carlo Alberto). Vi erano anche altre tre sale più piccole per i prodotti "vegetabili" ed il Regno minerale, e una stanza che fungeva da ripostiglio e laboratorio. La galleria era suddivisa in tre spazi da quattro colonne appaiate a due a due. Così le pareti erano divise in sei facciate, ognuna delle quali occupata, dopo l’integrale riordino del 1787, da una delle sei Classi del Regno Animale.
Personale e Collaboratori
Le prime collezioni zoologiche furono ordinate e sistemate a cura di Giovanni Antonio Scopoli, professore di Botanica e Chimica presso l’Università, e del bidello della Facoltà filosofica Carlo Guarnaschelli. Nel 1782 la Corte di Vienna istituì la figura del custode e nominò a questo ufficio il canonico Giovanni Serafino Volta, mantovano. Nel 1787, dopo il processo per il presunto "furto"di reperti, Volta e Guarnaschelli furono allontanati e sostituiti provvisoriamente con il Padre barnabita Ermenegildo Pini. All’abate Vincenzo Rosa fu poi attribuita la responsabilità del regno animale e vegetale mentre il barnabita Giovanni Martinenghi classificò tutta la parte minerale del Museo. Rosa e Martinenghi curarono insieme tutto il lavoro di riordino e sistemazione delle collezioni in base al Systema Naturae di Linneo.
Nell’800
Alla morte di Spallanzani, la cattedra e la direzione del Museo furono affidate al suo allievo bergamasco Giuseppe Mangili. Durante i vent'anni di direzione, Mangili arricchì il Museo di molte collezioni, tra cui una preziosa collezione di opali giunti da Vienna nel 1811 e circa 800 animali della Nuova Olanda (Australia). Il successore di Mangili fu il bresciano Giovanni Maria Zendrini che resse la cattedra e il Museo dal 1819 al 1852. Appassionato di mineralogia, incrementò le collezioni con l'acquisto di minerali della Sassonia e dell'Ungheria.
Dal 1852 al 1874, sotto la direzione del milanese Giuseppe Balsamo Crivelli il Museo attraversò un periodo di grande splendore grazie alle donazioni e agli acquisti di nuovi esemplari, tra cui uccelli, rettili, insetti e grandi mammiferi, tra cui una giraffa e un formichiere gigante. Leopoldo Maggi fu direttore del Museo per un solo anno dal 1874 al 1875. Alla separazione nel 1875 delle cattedre di zoologia, mineralogia e anatomia, Maggi, titolare della cattedra di anatomia comparata, assunse la direzione del relativo museo autonomo, di cui incrementò le raccolte con interessanti preparati osteologici. La cattedra di zoologia e la direzione del Museo fu assunta da Pietro Pavesi che rimase in carica dal 1875 al 1903. Naturalista illustre e intellettuale eclettico, sotto la sua direzione furono fatti importanti arricchimenti tanto che la consistenza del Museo di Zoologia arrivò ad oltre 7.000 specie rappresentate da ben 50.000 esemplari. La sezione di geo-mineralogia divenne Museo autonomo nel 1887 sotto la direzione di Torquato Taramelli e rimase nel Palazzo Centrale dell'Università abbinata al relativo Istituto.
Nel ‘900
I musei di Anatomia Comparata e di Zoologia seguirono il trasferimento degli Istituti a Palazzo Botta, rispettivamente nel 1903 e nel 1935. Le strutture museali proseguirono in autonomia la conservazione delle collezioni e il loro incremento, purtroppo limitato a rare donazioni. Lo sviluppo di nuovi settori di ricerca conseguenti al progresso scientifico-tecnologico del XX secolo e le innovazioni nell'insegnamento delle scienze naturali segnarono un inesorabile declino di interesse per i musei. La necessità di spazi per i laboratori di ricerca comportò nei primi anni '60 il trasferimento delle collezioni in alcuni locali del Castello Visconteo, allo scopo di allestirvi un Museo di Storia Naturale fruibile dal pubblico. Purtroppo i propositi, pur ufficializzati in ripetute convenzioni (dal 1956 al 1988) tra l'Università e gli Enti locali, rimasero solo buone intenzioni e le collezioni subirono gravi deterioramenti.
